基于整體觀的中藥復方現代研究目前面臨二大瓶頸問題：一是“方－證－病”割裂的研究體系違背了中醫(yī)藥“整體觀”；二是“基因－蛋白質－代謝物分離” 的研究模式缺乏“系統(tǒng)性”。
       基于整體觀的中藥復方現代研究目前面臨二大瓶頸問題：一是“方－證－病”割裂的研究體系違背了中醫(yī)藥“整體觀”；二是“基因－蛋白質－代謝物分離” 的研究模式缺乏“系統(tǒng)性”。包括單一的組學研究、不同組學數據沒有較好地整合和關聯(lián)，缺乏系統(tǒng)性和整體性，容易出現“碎片化”傾向；網絡藥理學把單一小分子藥物看作擾動因素，注重“基因－蛋白質－代謝物”網絡的整體刻畫（“點－系統(tǒng)”模式），不完全適用中藥復方（藥物系統(tǒng)）的研究。因此，建立“系統(tǒng)（藥物系統(tǒng)）－系統(tǒng)（生物系統(tǒng)）”研究模式是整體觀指導下的中藥復方研究新途徑，具有極其重要的科學意義和廣闊的應用前景。
       同時，要重視中西評價體系的結合。包括兩個方面：
       第一，方劑療效的評價要以中醫(yī)理論為指導，加強中醫(yī)證候評價的可量化、客觀化、數字化研究，將中醫(yī)證候評價指標、西醫(yī)常規(guī)評價指標以及系統(tǒng)生物學等新的評價指標整合成為綜合的評價體系。
       第二，臨床系統(tǒng)生物目標是建立整合生物標志物系統(tǒng)，應用于疾病早期預警、臨床診治以及藥物評價等，整合生物標志物系統(tǒng)包括中醫(yī)證候生物標志物群及系統(tǒng)生物學標志物群多個層面，系統(tǒng)生物學研究又可以包含基因、蛋白質等多個層次的標志物群。