(一)西遼時期的回鶻醫(yī)藥 我國北方少數(shù)民族契丹族于916年建大契丹國，938年改國號大遼，其西境直達葉塞尼河上游，與高昌回鶻、喀喇汗國接鄰，互相貿(mào)易十分活躍，其上京漢城因之設有“回鵲營”?；佞X文化甚至景教(基督教)亦于此時傳入遼地。 這時期的回鶻醫(yī)藥文化有了更多成分和溶合。塔里木盆地南緣還出現(xiàn)了一個出色的醫(yī)學家艾拉·伊丁·穆罕默德·和田尼，他出生于和田伊里奇肩波孜熱納村，就學于和闐，后到喀汁、布哈拉深造，并拜師訪友，成了一個博學多才的醫(yī)生。后來積多年親身體會和經(jīng)驗，寫出了《醫(yī)學結(jié)晶》等許多醫(yī)學著作，他還在當?shù)亻_辦的經(jīng)學堂教授生徒，培養(yǎng)了許多醫(yī)生和科學家。但至1211年，屈出律奪得岳父的西遼政權后，所有書籍被燒毀，醫(yī)學典籍遭踐踏。 (二)元蒙時期畏吾兒醫(yī)藥 1217年，蒙古軍隊進擊屈出律，回鶻成為成吉恩汗西征歐亞大軍的組成部分；元蒙帝國中亞、西亞、包括新韁西州移民和宿衛(wèi)既多，阿拉伯醫(yī)藥更加快了傳布，1263年愛薛掌管西城星歷、醫(yī)藥二司，1270年設廣惠司，皆與此有些關系。 這時期塔里木盆地基本傾向于穩(wěn)定，醫(yī)學也受到重視。喀什、莎車等地的學堂教育日益興旺，還建立起專門的醫(yī)療機構(gòu)，并鼓勵醫(yī)生們著書立說及從事翻譯工作。阿拉伯、波斯文中的《提比·玉素夫》、《考黑日·哈日考才夏》等書被譯成察合臺語；由撒馬爾罕人著成的《魯則提沙怕》(《察合臺醫(yī)生歷史》)是用察合臺語寫成的。還有許多醫(yī)書手抄本印有國王印璽。根據(jù)當時著名詩人阿不都熱衣木·納扎里的詩著記載，汗國后期在塔里木盆地成長起來的著名醫(yī)生努肉孜阿訇，一生中培養(yǎng)了許多徒弟，他擅長利用當?shù)夭菟帪榛颊咧尾　：蟀肷嗅t(yī)于麥蓋提，那兒的人民對他的墓地十分崇敬，稱作“努肉孜阿訇寢陵”。 當時非常出名的用察合臺語寫成的長詩《古里與努諾孜》及后來的《賽卡克詩集》等中也都贊美了畏兀兒的醫(yī)師和藥物。 米爾咱·馬黑麻·海答兒是一位軍事家、文學家，同時也是醫(yī)學家，博學多才，熟悉醫(yī)術方藥。擅長外科手術。