同藥物學(xué)類(lèi)似，遼夏金元時(shí)期的方劑學(xué)也明顯萎縮了。 宋時(shí)已設(shè)立御藥院，《政和本草》中已引用“《御藥院方》”，元代承襲宋制，亦設(shè)立御藥院，掌握由各地進(jìn)貢和外藩饋送珍奇藥品，修造湯藥。現(xiàn)存《徹藥院方)系宋金元三朝御藥院所制之成方配本，大多是搜集金元及宋的宮廷秘方，多為配制丸、散、膏、丹之類(lèi)成藥的醫(yī)方，不少方劑為一般方書(shū)未見(jiàn)者，是名符其實(shí)的宮廷秘方。 《瑞竹堂經(jīng)驗(yàn)方》為元代薩得彌實(shí)（一作沙圖穆蘇）撰。原書(shū)15卷，按疾病分為15門(mén)。 元代李仲南匯集古人醫(yī)書(shū)，于至順二年(1331)撰成《永類(lèi)鈐方》22卷，該書(shū)以醫(yī)經(jīng)為本，詳列外感內(nèi)傷諸病，尤重骨傷科，在體例上以脈、病、因、證、治為“五事’，鈐而為圖，貫穿彼此，互為發(fā)明，使人一目了然。 與李仲南不同，危亦林是醫(yī)學(xué)世家，他積祖?zhèn)魑迨婪挚屏?xí)業(yè)的經(jīng)驗(yàn)，撰成《世醫(yī)得效方》19卷。在該書(shū)中毫無(wú)保留地公開(kāi)了大量秘方，是難能可貴的。除搜集古方和整理家傳方外，危亦林還注意博采民間驗(yàn)方，在該書(shū)中記載了很多勞動(dòng)人民發(fā)明的簡(jiǎn)便易行的單驗(yàn)方。全書(shū)共載各種方劑3000余首，可說(shuō)是現(xiàn)存元代方書(shū)中的巨著了。 元末出現(xiàn)了一部特殊的醫(yī)方集《回回藥方》。該書(shū)是一部中外醫(yī)學(xué)交流的產(chǎn)物，是一部回回醫(yī)學(xué)傳人后在蒙古和元代百余年同漢族醫(yī)學(xué)、蒙醫(yī)學(xué)、維吾爾醫(yī)學(xué)逐漸匯合而有明顯的阿拉伯醫(yī)學(xué)特點(diǎn)的醫(yī)學(xué)著作，因元代大都(北京)和上都(多倫)設(shè)有兩邊回回藥物院，或許《回回藥方》為該機(jī)構(gòu)的處方集，尚須新的史料證明。《回回藥方》中大量阿拉伯藥物，也有象牡丹皮、巴豆、當(dāng)歸、細(xì)辛、知母等中國(guó)特產(chǎn)藥物，還有一些由阿拉伯經(jīng)中南亞、歐洲、非洲傳入，早已被中醫(yī)習(xí)用的中藥，如無(wú)花果、石榴、安息香、乳香、沒(méi)藥等，書(shū)中殘存醫(yī)方涉及內(nèi)、外、婦、兒等科，還有制藥技術(shù)的記載，其中對(duì)骨科的記載尤為突出。金元時(shí)期的方書(shū)還有金代趙大中編輯的《風(fēng)科集驗(yàn)方》共28卷，載方632首，后經(jīng)趙素增訂，增至1900余方，成為風(fēng)科最完備的著作。此外有釋繼洪的《嶺南衛(wèi)生方》和《澹寮集驗(yàn)秘方》，分別為論述山嵐瘴氣治法及生平歷效方劑。還有艾元英《如宜方》、王東野《集驗(yàn)方》、元好問(wèn)《集驗(yàn)方》、孫允賢《類(lèi)證南北經(jīng)驗(yàn)醫(yī)方十戒》等等。